EGSB反應器其構造與UASB反應器有相似之處，可以分為進水配水系統、反應區、三相分離區和出水渠系統。與UASB反應器不同之處是， EGSB厭氧反應器設有專門的出水回流系統。 EGSB厭氧反應器 一般為圓柱狀塔形，特點是具有很大的高徑比，一般可達3~5，生產裝置反應器的高度可達15~20米。顆粒污泥的膨脹床改善了廢水中有機物與微生物之間的接觸，強化了傳質效果，提高了反應器的生化反應速度，從而大大提高了反應器的處理效能。

EGSB反應設備主要是由進水系統、反應區、三相分離器和沉淀區等部分組成，如圖1所示。污水從底部配水系統進入反應器，根據載體流態化原理，很高的上升流速使廢水與EGSB反應器中的顆粒污泥充分接觸。當有機廢水及其所產生的沼氣自下而上地流過顆粒污泥床層時，污泥床層與液體間會出現相對運動，導致床層不同高度呈現出不同的工作狀態；在反應器內的底物、各類中間產物以及各類微生物間的相互作用，通過一系列復雜的生物化學反應，形成一個復雜的微生物生態系統，機物被降解，同時產生氣體。在此條件下，一方而可保證進水基質與污泥顆粒的充分接觸和混合，加速生化反應進程；另一方而有利于減輕或消除靜態床(如UASB)中常見的底部負荷過重的狀況，從而增加了反應器對有機負荷的承受能力。

EGSB反應設備三相分離器的作用首先是使混合液脫氣，生成的沼氣進入氣室后排出反應器，脫氣后的混合液在沉淀區進一步進行同液分離，污泥沉淀后返回反應區，澄清的出水流出反應器。為了維持較大的上升流速，保障顆粒污泥床充分膨脹，EGSB反應器增加了出水再循環部分。使反應器內部的液體上升流速遠遠高于UASB反應器，強化了污水與微生物之間的接觸，提高了處理效率。